تهدف الجمعية العلمية السعودية لعلوم العقيدة والأديان والفرق والمذاهب إلى تحقيق الأهداف التالية:

- العناية بالنشاط العلمي لعلوم العقيدة والأديان والفرق والمذاهب.

- تحقيق التواصل العلمي بين أعضاء الجمعية وتوثيق الروابط مع المهتمين بعلوم العقيدة والأديان والفرق والمذاهب.

- تقديم المشورة العلمية في مجال التخصص.

- تنمية الأداء العلمي والعملي لأعضاء الجمعية وتطوير أسلوبه.

- تيسير تبادل الانتاج العلمي، وتحقيق التواصل العلمي في مجال اهتمامات الجمعية بين الهيئات والمؤسسات المعنية داخل المملكة وخارجها.

- العناية بالتراث العلمي في مجال تخصص الجمعية تحقيقاً ودراسة ونشراً.

- رصد الانحرافات المتعلقة بالعقيدة والأديان والفرق والمذاهب، وبيان طرق الوقاية منها ودراسة تأثيراتها ومعالجتها.